ImmuneML: a platform for machine learning analysis of adaptive immune receptor repertoires
ImmuneML-plattformen tilbyr et rikt økosystem for å forstå AIRR-data, som støtter tilfeller sentrert rundt pasientens sykdomstilstander eller hva individuelle immunceller reagerer på. Den samler en rekke maskinlæringstilnærminger i én plattform, med høy grad av åpenhet, interoperabilitet og er brukervennlighet.
Det adaptive immunsystemet reagerer på fremmede trusler med fremragende hastighet og presisjon, og lagrer nåværende og tidligere responser i det som kalles immunminne. Videre er det adaptive immunsystemet vanligvis involvert i kreft og autoimmunitet, som også setter spor i immunminnet. Denne informasjonen gjenspeiles hovedsakelig i DNA-sekvensene til det som er kjent som immunreseptoren. DNA-sekvensering tillater at informasjon effektivt kan bestemmes for millioner av celler i en pasient, noe som åpner muligheten for å utnytte såkalt adaptiv immunreseptorrepertoar (AIRR) sekvensering for tidlig diagnostikk. Imidlertid er immunresponsen for en gitt sykdom unik for hver pasient, og å utlede immuntilstander (sykdom) fra et sekvensert AIRR-datasett er fortsatt en krevende utfordring, som krever sofistikert maskinlæring som fortsatt er i tidlig utviklingsfase.
ImmuneML-plattformen tilbyr et rikt økosystem for å forstå AIRR-data, som støtter tilfeller sentrert rundt pasientens sykdomstilstander eller hva individuelle immunceller reagerer på. Den samler en rekke maskinlæringstilnærminger i én plattform, med høy grad av åpenhet, interoperabilitet og er brukervennlighet. Det underliggende programvarerammeverket er også svært utvidbart, noe som gjør det mulig å effektivt utarbeide tilrettelagte eller fullstendig tilpassede analyser.
Ettersom plattformen har en rekke innebygde funksjonalitet, kan den være spesielt nyttig for tidlig gjennomførbarhetstesting av ideer for AIRR-baserte tilnærminger, før store ressurser investeres i utviklingen av en tilpasset beregningsmetodikk. ImmuneML-teamet er på nåværende tidspunkt tilgjengelig for å diskutere muligheter og begrensninger ved bruk av AIRR-er som biomarkører, gi råd om hvordan man setter opp AIRR-studier, gi støtte til hvordan man bruker immuneML, og for å utvide immuneML-plattformen med ny funksjonalitet til møte tilpassede behov. Opptil ti timers konsultasjon tilbys gratis. Dersom ytterligere støtte er ønskelig, eller om immuneML-plattformen skal brukes til kommersielle formål, kan en kontrakt forhandles.
